Hội nghị tập trung thảo luận về 3 vấn đề lớn của giáo dục đại học, gồm: Các giải pháp nâng cao tỉ lệ việc làm của SV tốt nghiệp, đáp ứng yêu cầu của thị trường lao động; Các giải pháp tăng cường các điều kiện đảm bảo chất lượng đào tạo; Đổi mới quản trị đại học để thực hiện hiệu quả tự chủ đại học.

Theo Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ, đào tạo nhân lực và nghiên cứu khoa học và nhiệm vụ hàng đầu của các trường đại học; đây cũng đồng thời là các yếu tổ then chốt để tạo nên thương hiệu của một cơ sở giáo dục đại học.

Ngoài ra, Bộ trưởng Bộ GD-ĐT còn cho rằng cần phải mạnh dạn nhìn thẳng vào sự thật nhiều ngành "hot" trước đây đã bị bão hòa bởi xu thế mới của xã hội. Từ đó nghiên cứu lại các ngành nghề đào tạo để đảm bảo không bị chệch với nhu cầu thị trường.

Nhiều đại biểu là lãnh đạo các cơ sở giáo dục đại học cho rằng, tình trạng đầu vào của một số ngành đang quá dễ dãi dẫn đến lúc chuẩn bị tốt nghiệp không biết sắp xếp thực tập ở đâu, chứ chưa nói đến việc tìm kiếm công việc sau khi ra trường. Từ thực trạng này dẫn đến chất lượng đào tạo giáo dục đại học đang có chiều hướng đi xuống một cách đáng báo động.

Cũng tại hội nghị, vấn đề tự chủ đại học nhận được sự quan tâm lớn bởi theo chủ trương là tất cả các trường đại học sẽ phải tự chủ nhưng có lộ trình. Hiện nay, đã có 15 trường đại học thí điểm mô hình tự chủ để rút kinh nghiệm và sắp tới sẽ được triển khai nhân rộng. Bên cạnh đó, cơ quan nhà nước vẫn sẽ đồng hành cùng các đơn vị thực hiện tự chủ không phân biệt công lập hay tư thục.

Cũng tại hội nghị lần này bộ trưởng bộ Giáo dục và Đào tạo cũng đề xuất năm nhóm giải pháp nâng cao chất lượng giáo dục đại học đó là:

 
Rà soát quy hoạch mạng lưới các trường ĐH trên toàn quốc
Tăng cường các giải pháp bảo đảm chất lượng gồm đội ngũ giáo viên,cơ sở vật chất và tài chính
 Đẩy mạnh quản trị ĐH theo hướng tự chủ
 Rà soát lại toàn bộ văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến GDĐH
Tăng cường truyền thông xây dựng thương hiệu