Do công nghệ xử lý bùn nước chưa hoàn chỉnh do đó lượng nước thu hồi chưa triệt để gây lãng phí và ảnh hưởng đến môi trường xung quanh. Hệ thống xử lý bùn nước hiện tại của Công ty chiếm một diện tích rất lớn, hiệu suất thấp do vậy khi tăng công suất nhà máy tuyển lên thì lượng than bùn sẽ tăng theo và lượng nước cấp cho các nhà máy tuyển là rất lớn. Trong 6 tháng đầu năm 2007, mức nước tiêu hao bình quân của nhà máy tuyển là 34.000– 40.000m3/tháng. Giá thành hiện tại cho mỗi khối nước là 5.400đ. Như vậy hằng năm Công ty phải bỏ ra một khoản chi phí lớn cho lượng nước cấp cho hệ thống tuyển rửa của nhà máy.
 
      Trước vấn đề giảm chi phí tuyển, nâng cao chất lượng than bùn và giảm thiểu ô nhiễm môi trường Công ty tuyển than Hòn Gai đã kết hợp với Viện KHCN Mỏ xây dựng dự án Xử lý bùn nước tại Nhà máy tuyển than Nam Cầu Trắng bằng công nghệ tuyển nổi cột. Đây là một trong những công nghệ tiên tiến trên thế giới để tuyển vật liệu cấp hạt mịn. Với năng suất thiết kế 460.000t/năm (tính cho phần cấp liệu có độ ẩm 30%) sẽ đảm bảo vấn đề xử lý bùn nước của Nhà máy hiện tại và đáp ứng được yêu cầu khi Nhà máy mở rộng công suất theo yêu cầu của sản xuất. Dây chuyền công nghệ theo thiết kế gồm 2 khâu tuyển: tuyển chính và  tuyển vét nên sản phẩm than sạch thu được có độ tro A≤ 10 - 15%, với kết quả này đã góp phần nâng cao chất lượng sản phẩm than bùn của Nhà máy lên gấp nhiều lần hiện tại. Sản phẩm than sạch được khử nước qua hệ thống lọc ép, đảm bảo độ ẩm yêu cầu tiêu thụ (W≤ 20%) mà không phải qua hệ thống phơi sấy như hiện nay. Nước thu được từ hệ thống lọc ép được cấp tuần hoàn cho Nhà máy tuyển để phục vụ cho công nghệ tuyển rửa. Sản phẩm thải của cột tuyển nổi có độ tro dao động từ trên 75 – 85% đảm bảo yêu cầu thải bỏ, phần đá thải này được khử nước qua hệ thống sàng rung rửa cao tần, qua máy lọc tấm rồi được vận chuyển tới bãi thải của Nhà máy sau đó sẽ vận chuyển đến các đường lò ngừng khai thác phục vụ cho công tác hoàn nguyên môi trường.